Một trong những nội dung đáng chú ý là Luật bổ sung Điều 16a vào sau Điều 16 về kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua nền tảng thương mại điện tử. Cụ thể, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua nền tảng thương mại điện tử phải làm thủ tục hải quan, chịu sự kiểm tra, giám sát hải quan. Tổ chức, cá nhân tại Việt Nam khi mua, bán hàng hóa với nước ngoài qua nền tảng thương mại điện tử phải thực hiện định danh, xác thực điện tử. Chủ quản nền tảng thương mại điện tử có trách nhiệm kết nối với hệ thống xử lý dữ liệu về thương mại điện tử của cơ quan hải quan khi thực hiện định danh, xác thực điện tử. Chủ quản nền tảng thương mại điện tử, chủ kho ngoại quan, doanh nghiệp vận chuyển hoặc đại lý của doanh nghiệp vận chuyển, tổ chức, cá nhân có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua nền tảng thương mại điện tử có trách nhiệm cung cấp thông tin liên quan đến hàng hóa cho cơ quan hải quan.
Trước khi tiến hành biểu quyết, Quốc hội nghe Bộ trưởng Bộ Tài chính Ngô Văn Tuấn, thừa ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ trình bày Báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan.
Về cơ chế một cửa quốc gia và người khai hải quan, theo Bộ trưởng Ngô Văn Tuấn, tiếp thu ý kiến của đại biểu Quốc hội, dự thảo Luật đã chỉnh lý khái niệm về cơ chế một cửa quốc gia theo hướng làm rõ cơ chế phối hợp, chia sẻ dữ liệu qua hệ thống; thống nhất thuật ngữ và bổ sung nguyên tắc không yêu cầu nộp lại bản giấy đối với dữ liệu đã chia sẻ. Dự thảo Luật cũng tiếp thu, bổ sung nghĩa vụ của các nhóm chủ thể mới như: doanh nghiệp bưu chính, chuyển phát nhanh, chủ quản sàn thương mại điện tử, đơn vị trung chuyển cho phù hợp với Công ước Kyoto và thông lệ quốc tế.
Về kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua nền tảng thương mại điện tử và kiểm định hải quan, theo Bộ trưởng Bộ Tài chính, việc quy định về kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua nền tảng thương mại điện tử ở cấp luật là cần thiết. Dự thảo Luật chỉ quy định nguyên tắc cơ bản, đồng thời giao Chính phủ quy định chi tiết ngưỡng trị giá, quy trình và lộ trình xác thực định danh điện tử; bổ sung trách nhiệm kết nối dữ liệu của chủ quản nền tảng thương mại điện tử nước ngoài không có trụ sở tại Việt Nam. Về kiểm định hải quan, do còn nhiều ý kiến khác nhau, Bộ Tài chính xin tiếp thu, đề xuất bỏ khái niệm và quy định về kiểm định hải quan khỏi dự thảo Luật.
Về đại lý làm thủ tục hải quan, Bộ Tài chính đã tiếp thu và chỉnh lý theo hướng Bộ trưởng Bộ Tài chính chỉ quy định việc quản lý, hoạt động (không đặt lại điều kiện kinh doanh), do điều kiện kinh doanh đã được cắt giảm theo Luật Đầu tư, chuyển sang cơ chế tiêu chuẩn nghề, hậu kiểm.
Về hồ sơ hải quan, khai hải quan, kiểm tra thực tế hàng hóa và xử lý hàng hóa tồn đọng, tiếp thu ý kiến của các đại biểu Quốc hội, dự thảo Luật đã quy định chi tiết cơ chế xử lý hệ thống gặp sự cố, hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ, vùng sâu, vùng xa và bổ sung hồ sơ đối với phương tiện vận tải; hướng dẫn cụ thể việc phân định sơ suất vô ý với cố tình vi phạm tại văn bản dưới luật. Về kiểm tra thực tế hàng hóa, dự thảo Luật đã chỉnh lý thẩm quyền quyết định trường hợp khác từ Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi xử lý hồ sơ sang Bộ trưởng Bộ Tài chính. Về xử lý hàng hóa tồn đọng, dự thảo Luật đã giao Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chi tiết về trách nhiệm, cơ chế xử lý.
Về trách nhiệm của cơ quan Hải quan trong tổ chức thu thuế, điều khoản thi hành và một số nội dung khác, Bộ trưởng Ngô Văn Tuấn cho biết, dự thảo Luật đã chỉnh lý dẫn chiếu chung “các nội dung về quản lý thuế” thay vì liệt kê chi tiết từng nghiệp vụ, để tránh mâu thuẫn khi pháp luật về thuế thay đổi. Chỉnh lý điều khoản chuyển tiếp bảo đảm rõ về phạm vi áp dụng đối với các trường hợp đang trong quá trình thực hiện.
Đối với các kiến nghị về chính sách ưu tiên doanh nghiệp khoa học công nghệ, công nghệ cao, bán dẫn; ứng dụng blockchain xác thực CO, CQ; ưu tiên nông sản, thủy sản tươi sống; công nhận kết quả kiểm tra giữa Việt Nam và nước đối tác, Bộ trưởng Bộ Tài chính cho biết, phần lớn các nội dung này đã được quy định tại Luật Hải quan hiện hành hoặc thuộc phạm vi luật chuyên ngành khác; thời hạn lưu kho ngoại quan phù hợp với Công ước Kyoto sửa đổi và thông lệ quốc tế nên Bộ Tài chính đề nghị giữ nguyên như quy định hiện hành…
